生物反應(yīng)器有很多種類型。根據(jù)用途，它們具有多種形狀，從使用酶來獲取目標物質(zhì)的經(jīng)典例子，到培養(yǎng)細胞或微生物來生產(chǎn)目標物質(zhì)的例子。用于生物制藥生產(chǎn)的細胞培養(yǎng)和細菌培養(yǎng)設(shè)備有時被稱為生物反應(yīng)器。

液體生物反應(yīng)器是最常見的，其中原料是液體形式。另一方面，在曲霉和酶工業(yè)中，由于原料是固體的，所以使用固體生物反應(yīng)器。此外，利用植物細胞、藻類、光合細菌等進行光合作用的反應(yīng)要素，設(shè)計用于供給光的光合生物反應(yīng)器也已被開發(fā)并投入使用。

工業(yè)生物反應(yīng)器相對較大，而分析生物反應(yīng)器相對較小。具體來說，微生物反應(yīng)器的目的是檢測反應(yīng)產(chǎn)物而不回收它們，并且已經(jīng)開發(fā)出能夠分析幾毫升到幾微升液體的模型。